La cantera blanquiazul, es una estructura sólida que cuenta con 16 equipos y más de 270 fichas, integrando equipos masculinos y femeninos en diversas categorías de la Federación Navarra de Fútbol. Como referente en la región en la formación de fútbol base, promueve valores deportivos y de equipo, compitiendo en fútbol 8 y fútbol 11.
El Club ha potenciado el fútbol femenino y cuenta con cuatro equipos en diferentes categorías.
El proyecto de cantera del Izarra también incluye diversas áreas de formación con prevención, readaptación y entrenamiento individualizado.
Los equipos juegan sus partidos en las instalaciones de Merkatondoa. Y cuentan con un gran equipo técnico de entrenadores y ayudantes que trabajan en la formación de los jóvenes, muchos de ellos de forma altruista.